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猪用生物制品及相关猪源原辅质料中
非洲猪瘟病毒核酸检测要领
1 适用规模
1.1猪用及接纳猪源原辅质料制备的生物制品制品及半制品。。。。。。。
1.2猪源毒种。。。。。。。
1.3 猪源细胞及相关制品生产用细胞。。。。。。。
1.4其他猪源原辅质料(如组织、血清、胰酶衍生物等)。。。。。。。
2 取样和处置惩罚
2.1 疫苗
2.1.1 活疫苗 取至少2瓶样品,,,,,,,,按瓶签注明头份用相宜稀释液划分稀释成10头份/0.2ml,,,,,,,,等量混淆,,,,,,,,取混淆液举行核酸提取。。。。。。。
2.1.2 灭活疫苗 取至少2瓶样品,,,,,,,,等量混淆后举行以下处置惩罚。。。。。。。
2.1.2.1 油佐剂灭活疫苗 取36 ml混淆疫苗,,,,,,,,加入正戊醇4.0 ml,,,,,,,,充分振荡混淆1分钟,,,,,,,,2~8℃冰箱静置不少于60分钟,,,,,,,,直至油相和水相疏散。。。。。。。取水相举行核酸提取。。。。。。。
2.1.2.2 水性佐剂灭活疫苗
2.1.2.2.1铝胶佐剂灭活疫苗 取混淆疫苗5.0 ml,,,,,,,,摇匀,,,,,,,,加入0.25 g解离剂CPG-odn(人工合成的寡聚核苷酸),,,,,,,,放入摇床(200 r/min)37℃解离1小时,,,,,,,,5000 r/min离心10分钟,,,,,,,,取上清液举行核酸提取。。。。。。。
2.1.2.2.2其他水性佐剂灭活疫苗 直接取混淆样品举行核酸提取。。。。。。。
2.2 其他生物制品和半制品冻干类制品,,,,,,,,按活疫苗举行取样和处置惩罚;;;;;;;液体制品及半制品,,,,,,,,取至少2份(瓶)样品,,,,,,,,等量混淆,,,,,,,,取混淆液举行核酸提取。。。。。。。
2.3 猪源毒种 取至少2支毒种。。。。。。。冻干毒种,,,,,,,,按冻干前体积复溶后等量混淆,,,,,,,,取混淆液举行核酸提取!。。。。;;;;;;;非冻干毒种,,,,,,,,等量混淆后直接取混淆液举行核酸提取。。。。。。。
2.4 猪源细胞 除尚有划定外,,,,,,,,取至少2瓶细胞浓度不少于107.0个细胞/ml的细胞悬液举行核酸提取。。。。。。。
2.5 其他猪源原辅质料
2.5.1 猪组织 每种组织,,,,,,,,划分取样和处置惩罚。。。。。。。取不少于2.0 g组织,,,,,,,,研磨后用5倍体积灭菌PBS悬浮,,,,,,,,70℃灭活30分钟,,,,,,,,4℃下以2000~3000 g离心10分钟,,,,,,,,取上清液举行核酸提取。。。。。。。
2.5.2 猪血清 每批血清取至少2个最小包装的样品,,,,,,,,等量混淆,,,,,,,,取混淆液举行核酸提取。。。。。。。
2.5.3 猪胰酶 干粉状胰酶,,,,,,,,取至少2份样品,,,,,,,,凭证使用情形划分派制成不低于2.5%浓度的溶液,,,,,,,,等量混淆,,,,,,,,取混淆液举行核酸提取!。。。。;;;;;;;液体胰酶,,,,,,,,取至少2个最小包装的样品,,,,,,,,等量混淆,,,,,,,,取混淆液举行核酸提取。。。。。。。
2.5.4 其他猪源衍生物 固体、液体或干粉状猪源衍生物,,,,,,,,可划分按组织、血清或干粉状胰酶的要领举行取样和样品处置惩罚。。。。。。。
3 核酸提取
3.1 试剂和器材
3.1.1 试剂 凭证核酸提取要领确定,,,,,,,,如氯仿、异丙醇、无水乙醇、0.1 mol/l 柠檬酸钠(含10%乙醇)、75%乙醇等。。。。。。。
3.1.2 仪器 核酸含量测定仪;;;;;;;常温台式离心机;;;;;;;旋涡振荡器;;;;;;;水浴锅;;;;;;;微量移液器1套(最大宗程划分为10 ?l、100 ?l、200 ?l、1000 ?l)。。。。。。。
3.1.3 耗材 1.5 ml带盖离心管、无菌吸头(0~10 ?l、0~200 ?l、100~1000 ?l)、一次性乳胶手套。。。。。。。
3.2 操作程序(TRIZOL法),,,,,,,,也可以选择其他等效核酸提取要领提取样品中的DNA。。。。。。。
3.2.1 取样品250 ?l,,,,,,,,加入750 ?l Trizol,,,,,,,,倒置混匀,,,,,,,,室温安排5分钟。。。。。。。
3.2.2 加入200 ?l氯仿,,,,,,,,充分混匀,,,,,,,,室温安排10 分钟,,,,,,,,4℃下以12000 g离心15 分钟。。。。。。。
3.2.3 弃去上清液,,,,,,,,加入220 ?l无水乙醇,,,,,,,,倒置混淆,,,,,,,,15~30℃安排2~3分钟,,,,,,,,2~8℃以2000 g离心5分钟,,,,,,,,沉淀物为DNA。。。。。。。
3.2.4 弃去上清液,,,,,,,,加入含10%乙醇的0.1 mol/l 柠檬酸钠750 ?l洗涤DNA,,,,,,,,15~30℃安排30分钟,,,,,,,,2~8℃以2000 g离心5分钟。。。。。。。重复一次。。。。。。。
3.2.5 加入75%乙醇1.2 ml,,,,,,,,重悬DNA沉淀,,,,,,,,15~30℃安排20分钟,,,,,,,,4℃2000 g离心5分钟。。。。。。????????芍馗匆淮,,,,,,,,充分洗涤DNA沉淀。。。。。。。
3.2.6 弃去上清液,,,,,,,,洞开离心管管口,,,,,,,,在空气中干燥5~10分钟,,,,,,,,加入30~50 μl的无核酸酶灭菌水消融DNA,,,,,,,,-20℃以下生涯备用。。。。。。。
3.3 注重事项
3.3.1核酸提取试剂具有侵蚀和强变性能力,,,,,,,,应做好小我私家防护,,,,,,,,佩带手套、口罩和护目镜,,,,,,,,避免液体飞溅到皮肤和眼睛。。。。。。。
3.3.2后续的核酸检测敏感性很高,,,,,,,,要避免样品之间相互污染,,,,,,,,最好使用带滤芯的枪头,,,,,,,,且每次吸收取液体时均需替换枪头。。。。。。。
3.3.3为避免核苷酸降解,,,,,,,,应阻止核酸酶污染,,,,,,,,使用的耗材均需无核酸酶。。。。。。。
3.3.4做好剩余样品的无害化处置惩罚及操作台面的消毒处置惩罚。。。。。。。剩余样品可通过高压灭菌或煮沸处置惩罚,,,,,,,,也可放在1%卫可或2%氢氧化钠消毒液中浸泡处置惩罚,,,,,,,,操作台面使用1%卫可擦拭。。。。。。。
3.3.5提取后的DNA样品要用锡箔纸封存,,,,,,,,取样时应用枪头直接刺破锡箔纸取样,,,,,,,,避免污染。。。。。。。
4 检测
下列两种要领可任选其一。。。。。。。
4.1 实时荧光定量PCR检测法
4.1.1 试剂和器材
4.1.1.1 试剂
4.1.1.1.1 荧光定量PCR试剂 本操作中以Applied Biosystems TaqMan Gene Expression Assays kit为例,,,,,,,,也可选用其他荧光定量PCR试剂。。。。。。。
4.1.1.1.2 扩增引物及探针
扩增引物:
ASF-05-Zsak-1466F(10 ?mol/ L):5'-CCTCGGCGAGCGCTTTATCAC-3'
ASF-05-Zsak-1528R(10 ?mol/ L):5'-GGAAACTCATTCACCAAATCCTT-3'
探针ASF-05-Zsak-1486prob (10 ?mol/ L):5'-FAM-CGATGCAAGCTTTAT-MGB-3'
4.1.1.1.3 无核酸酶的灭菌水 PCR级别。。。。。。。
4.1.1.2 仪器 荧光定量PCR仪;;;;;;;微量移液器1套(最大宗程划分为10 ?l、100 ?l、200 ?l、1000 ?l)。。。。。。。
4.1.1.3 耗材 1.5 ml带盖离心管、0.2 ml薄壁PCR管、荧光定量PCR 96孔板、0.1 ml荧光PCR八连管、无菌吸头(0~10 ?l、0~200 ?l、100~1000 ?l)、一次性乳胶手套。。。。。。。
4.1.2 操作程序
4.1.2.1 样品DNA制备 凭证前述要领举行核酸提取。。。。。。。
4.1.2.2 反应系统的配制 配制比样品数目至少多4个的反应系统,,,,,,,,同时设置强阳性、弱阳性和阴性比照。。。。。。。在强阳性和弱阳性比照反应管中划分加入含有非洲猪瘟P72基因的标准质粒DNA各3 ?l,,,,,,,,在阴性比照反应管中加入3?l无核酸酶灭菌水。。。。。。。每个PCR反应管中应包括以下因素:
|
因素 |
体积(?l) |
|
2×ABI TaqMan Gene ExpressionMix |
10 |
|
ASF-05-Zsak-1466F(10 ?mol/ L) |
1 |
|
ASF-05-Zsak-1528R(10 ?mol/ L) |
1 |
|
探针(10 ?mol/ L) |
0.8 |
|
DNA |
3 |
|
无核酸酶灭菌水 |
4.2 |
|
|
总量20 |
4.1.2.3 反应程序 将所有待检样品和强阳性、弱阳性、阴性比照反应管放在荧光定量PCR仪中,,,,,,,,凭证以下程序举行扩增:50℃2分钟,,,,,,,,95℃5分钟,,,,,,,,95℃15秒,,,,,,,,58℃退火延伸1分钟,,,,,,,,45个循环(荧光信号网络在此阶段每次循环的退火延伸时举行)。。。。。。。
4.1.2.4 效果判断
4.1.2.4.1 阈值设定 试验操作竣事后,,,,,,,,确定Ct值。。。。。。。Ct值为每个样品反应管内荧光信号抵达设定阈值时所履历的循环数。。。。。。。
阈值设定原则:凭证仪器噪声情形举行调解,,,,,,,,以阈值线恰恰凌驾阴性比照扩增曲线的最高点为准。。。。。。。
4.1.2.4.2 质控标准
比照组的检测效果应切合以下情形,,,,,,,,此次检测方为有用:
阴性比照无Ct 值,,,,,,,,且无扩增曲线。。。。。。。
强阳性比照的Ct 值应在18~22之间,,,,,,,,并泛起典范的扩增曲线。。。。。。。弱阳性比照的Ct 值应在33~35之间,,,,,,,,并泛起典范的扩增曲线。。。。。。。
4.1.2.4.3 判断
阴性:无Ct值,,,,,,,,且未泛起扩增曲线,,,,,,,,判断为样品中无ASFV核酸。。。。。。。
阳性:Ct值≤40,,,,,,,,且泛起典范的扩增曲线,,,,,,,,判断为样品中保存ASFV核酸。。。。。。。
可疑:Ct值>40,,,,,,,,且泛起典范扩增曲线,,,,,,,,判断为可疑,,,,,,,,应重检。。。。。。。重检后,,,,,,,,Ct值≤40且泛起典范扩增曲线者判为阳性,,,,,,,,其他情形均判断为阴性。。。。。。。
4.2 通俗 PCR检测法
4.2.1 试剂和器材
4.2.1.1 试剂
4.2.1.1.1 PCR试剂 10×PCR缓冲液(含25 mmol/l Mg2+),,,,,,,,DNA扩增酶,,,,,,,,dNTP预混液。。。。。。。
4.2.1.1.2扩增引物
primer PPA-1(10 μmol/L):5'-AGTTATGGGAAACCCGACCC-3' (上游引物);;;;;;;
primer PPA-2(10 μmol/L):5'- CCCTGAATCGGAGCATCCT-3' (下游引物)。。。。。。。
4.2.1.1.3 DNA分子量标准品 DL500。。。。。。。
4.2.1.1.4 TAE电泳缓冲液 配制要领见《电泳液标准配制流程》。。。。。。。
4.2.1.1.5 1%琼脂糖凝胶板 在100 ml 1×TAE缓冲液中加入1g琼脂糖,,,,,,,,加热融化,,,,,,,,加入5.0 μl (10 mg/ml)溴化乙锭,,,,,,,,混匀,,,,,,,,倒入水平安排的凝胶盘中,,,,,,,,胶板厚度达5.0 mm左右。。。。。。。凭证样品数目选用相宜的梳子。。。。。。。待凝胶冷却凝固后拔出梳子(胶中形成加样孔),,,,,,,,放入电泳槽中,,,,,,,,加1×TAE缓冲液淹没胶面。。。。。。。
4.2.1.2 仪器 DNA扩增仪,,,,,,,,稳压稳流电泳仪,,,,,,,,水平电泳槽,,,,,,,,凝胶成相系统(或紫外透射仪),,,,,,,,微量移液器1套。。。。。。。
4.2.1.3 耗材 1.5 ml带盖离心管、0.2 ml薄壁PCR管、无菌吸头(0~10 ?l、0~200 ?l、100~1000 ?l)。。。。。。。
4.2.2 操作程序
4.2.2.1 样品DNA制备 凭证前述要领举行核酸提取。。。。。。。
4.2.2.2 反应系统的配制 配制比样品数目至少多3个的反应系统,,,,,,,,同时设立阳性和阴性比照。。。。。。。在阳性比照反应管中加入非洲猪瘟P72基因重组质粒2.0 ?l,,,,,,,,在阴性比照反应管中加入2.0 ?l无核酸酶灭菌水。。。。。。。每个PCR反应管中应包括以下因素:
|
|
体积(?l) |
|
10×PCR缓冲液 |
2 |
|
DNA 扩增酶 |
1 |
|
dNTP |
0.5 |
|
PPA-1 (10 μmol/L) |
1 |
|
PPA-2 (10 μmol/L) |
1 |
|
DNA |
2 |
|
无核酸酶灭菌水 |
12.5 |
|
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总量20 |
4.2.2.3 反应程序 将所有待检样品及阳性和阴性比照反应管放在PCR仪中,,,,,,,,凭证以下程序举行扩增:94℃2分钟,,,,,,,,94℃30秒,,,,,,,,60℃30秒,,,,,,,,72℃30秒,,,,,,,,35个循环;;;;;;;72℃10分钟。。。。。。。4℃生涯。。。。。。。
4.2.2.4 PCR扩增产品剖析 取PCR扩增产品10 ?l,,,,,,,,加6×加样缓冲液2.0 ?l,,,,,,,,混匀,,,,,,,,用1.5%琼脂糖凝胶对混淆物举行电泳剖析,,,,,,,,电压120V,,,,,,,,电流50 mA,,,,,,,,电泳时间30分钟。。。。。。。电泳竣事后,,,,,,,,用凝胶成像系统照相,,,,,,,,纪录检测效果。。。。。。。
4.2.2.5 效果判断
4.2.2.5.1 质控标准
比照组的检测效果应切合以下情形,,,,,,,,此次检测方为有用:
阴性比照应不泛起257bp的特异性条带。。。。。。。
阳性比照应泛起257bp的特异性条带。。。。。。。
4.2.2.5.2 判断
阳性:待检样品泛起与阳性比照巨细一致的扩增条带,,,,,,,,判断为非洲猪瘟病毒核酸阳性,,,,,,,,扩增产品可通过DNA测序进一步确定基因型。。。。。。。
阴性:待检样品未泛起与阳性比照巨细一致的扩增条带,,,,,,,,判断为非洲猪瘟病毒核酸阴性。。。。。。。
4.3 注重事项
4.3.1检测历程中应遵照PCR实验分区原则,,,,,,,,即应区分试剂配制区、样本处置惩罚区、核酸扩增区。。。。。。。
4.3.2应阻止在含有靶序列的区域中使用引物,,,,,,,,避免污染靶序列。。。。。。。
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